Toyota Yaris Cross vertinama teigiamai už didelį saugumo sistemų kiekį ir garantijų aprėptį, tačiau sulaukė kritikos dėl 2025 m. Euro NCAP bandymuose prastesnio nei ankstesnėje versijoje įvertinimo – dabar tik keturios žvaigždutės. Modelis turi aktyviąsias saugumo funkcijas: adaptyvią kruizo kontrolę, juostos laikymo asistentą, eismą ženklinčių ženklų atpažinimą ir AEB sistemą, pajėgiančią reaguoti tiek į transporto priemones, tiek pėstinguosius miesto aplinkoje.